M&A後の事業統合で税務上なぜ注意が必要なのか

M&Aを行った後、経営の効率化や管理体制の一本化を目的として、買収会社と被買収会社を合併させることがあります。経営上は自然な流れですが、税務上は慎重な検討が必要です。

特に問題となりやすいのが、繰越欠損金の引継制限・使用制限と、特定資産譲渡等損失額の損金不算入です。適格合併に該当する場合であっても、支配関係が生じてから5年以内の合併では、租税回避防止の観点から制限が課されることがあります。

実務コメント
M&A後の合併は、経営面では合理的でも、税務では「欠損金や含み損を取り込む目的ではないか」という視点で確認されます。事業統合を急ぐ案件ほど、事前の税務判定が重要です。

まず押さえたい全体像

吸収合併を行った場合、その合併が完全支配関係内の合併に該当するか、支配関係内の合併に該当するかは、合併直前に完全支配関係または支配関係があるかどうか、そして合併後もその関係が継続することが見込まれているかどうかにより判定します。

そのため、外部から買収した法人をその後に合併する場合であっても、合併直前に支配関係が成立していれば支配関係内の合併となり、完全支配関係が成立していれば完全支配関係内の合併となります。

適格合併に該当する場合には、原則として被合併法人の繰越欠損金を合併法人に引き継ぐことができます。しかし、支配関係が生じてから5年を経過していない法人との適格合併では、次のような制限が問題となります。

論点	内容	実務上の注意点
繰越欠損金の引継制限・使用制限	欠損金の引継ぎや利用が制限される	被買収会社だけでなく買収会社側の欠損金も確認が必要
特定資産譲渡等損失額の損金不算入	含み損資産に係る損失の損金算入が制限される	資産の中身と取得時期を細かく確認する必要がある
みなし共同事業要件	共同事業性が認められれば制限を回避できる	実務上はここが最重要論点
純資産超過額の特例	時価純資産超過額・簿価純資産超過額により制限が緩和される	共同事業要件を満たせない案件で特に重要

最初に結論を整理するとどうなるか

M&A後の事業統合で税務上まず確認したいのは、次の流れです。

1. 支配関係のある法人との適格合併かどうかを確認する
2. 支配関係が5年以内に生じているかを確認する
3. みなし共同事業要件を満たすかを確認する
4. 満たさない場合は、時価純資産超過額または簿価純資産超過額の特例を検討する
5. さらに、特定資産から除外できる資産や損失がないかを確認する

税理士コメント
実務では、まず「共同事業要件を満たせるか」を見ます。そこが難しい場合に、純資産超過額の特例や特定資産からの除外に進む、という順番で考えると整理しやすくなります。

繰越欠損金の引継制限・使用制限とは

適格合併に該当する場合、原則として被合併法人の繰越欠損金は合併法人に引き継がれます。しかし、支配関係が生じてから5年以内の適格合併では、一定の場合に、繰越欠損金の引継制限・使用制限が課されます。

ここで注意したいのは、制限の対象が被買収会社の欠損金だけではないという点です。買収会社と被買収会社が合併する場合には、買収会社が買収前に有していた繰越欠損金も制限対象となることがあります。

確認対象	実務上の意味
被買収会社の繰越欠損金	引継ぎたい欠損金として最初に注目されやすい
買収会社の買収前欠損金	合併により制限対象となることがある
買収後に生じた欠損金	内容によっては一部が制限対象になる

繰越欠損金制限の判定フローを文章で整理すると

繰越欠損金の引継制限・使用制限の判定は、概ね次の順序で行います。

ステップ	確認内容	結論の方向性
Step1	支配関係のある法人との適格合併か	該当しなければ制限なし
Step2	支配関係が、合併法人の合併事業年度開始の日の5年前の日または設立日のいずれか遅い日以後に生じているか	5年超なら原則制限なし
Step3	みなし共同事業要件を満たすか	満たせば制限なし
Step4	支配関係事業年度の直前事業年度末における時価純資産超過額が繰越欠損金以上か	満たせば制限なし
Step5	上記のいずれにも該当しないか	引継制限・使用制限が課される

特定資産譲渡等損失額の損金不算入とは

特定資産譲渡等損失額の損金不算入は、含み損のある資産を保有する会社を買収し、その後の組織再編により損失を実現させることによる租税回避を防止するためのルールです。

支配関係が生じてから5年以内の適格合併で、一定の要件に該当すると、適用期間内に生じた特定資産譲渡等損失額について損金不算入が課されます。

特定資産譲渡等損失額の損金不算入の判定フローを文章で整理すると

ステップ	確認内容	結論の方向性
Step1	支配関係のある法人との適格合併か	該当しなければ損金不算入なし
Step2	支配関係が、合併法人の合併事業年度開始の日の5年前の日または設立日のいずれか遅い日以後に生じているか	5年超なら原則問題になりにくい
Step3	適用期間内に生じた特定資産譲渡等損失額があるか	なければ損金不算入なし
Step4	みなし共同事業要件を満たすか	満たせば損金不算入なし
Step5	支配関係事業年度の直前事業年度末における時価純資産価額が簿価純資産価額以上であるか	満たせば損金不算入なし
Step6	上記のいずれにも該当しないか	損金不算入が課される

みなし共同事業要件とは

支配関係発生日から合併法人の合併事業年度開始の日までの期間が5年未満であっても、みなし共同事業要件を満たす場合には、繰越欠損金の引継制限・使用制限および特定資産譲渡等損失額の損金不算入は課されません。

実務上、この要件を満たせるかどうかが最も重要です。なぜなら、これを満たす場合には、後述する純資産超過額の特例や特定資産からの除外を細かく検討しなくても、結論が比較的明確になるからです。

みなし共同事業要件の全体像

要件	内容	実務上の位置づけ
事業関連性要件	被合併事業と合併事業が相互に関連すること	土台となる要件
事業規模要件	売上、従業者数、資本金等の規模差がおおむね5倍以内であること	規模の近さを見る
事業規模継続要件	支配関係発生時から合併直前まで規模が不自然に変動していないこと	形式的な要件充足を防ぐ
特定役員引継要件	②③を満たさない場合の代替要件	人的継続性を重視する救済要件

事業関連性要件

吸収合併を行う場合、事業関連性要件を満たすためには、被合併法人の被合併事業と、合併法人の合併事業とが相互に関連している必要があります。

もっとも、実務上は「関連性」よりも、そもそも税務上「事業」があるといえるかが問題になることがあります。

「事業」があるかを判断する主な視点

視点	内容	実務で問題になりやすい例
固定施設	事務所、店舗、工場その他の固定施設を所有または賃借していること	施設が全くない
従業者	その法人の業務に専ら従事する者が存在すること	実質的に人がいない
自己名義・自己計算による活動	販売、貸付、役務提供、広告、調査、許認可、知財取得、必要資産保有等を行っていること	売上が反復継続的に計上されていない

実務コメント
実務で問題になりやすいのは、SPCや休眠に近い法人、資産保有だけの法人です。事業関連性以前に「事業そのものがあるか」という点から検討が必要になることがあります。

事業規模要件

事業規模要件では、被合併法人の被合併事業と、それに関連する合併法人の合併事業の規模差が大きすぎないことが求められます。

具体的には、売上金額、従業者の数、資本金の額またはこれらに準ずるもののうち、いずれか1つでも規模の割合がおおむね5倍以内であれば足ります。すべての指標で5倍以内である必要はありません。

指標	見方	実務ポイント
売上金額	合併直前1年間の売上金額でみるのが基本	異常な増減がある場合は慎重にみる
従業者の数	合併直前に事業に現に従事する者の数	役員、派遣社員、アルバイト等を含むことがある
資本金の額	会社法上の資本金の額	法定準備金や剰余金は含まれない
これらに準ずるもの	客観的・外形的に規模を示す業界指標	金融機関の預金量等が例示される

事業規模継続要件

事業規模継続要件は、買収後に規模を増減させて形式的に事業規模要件を満たそうとすることを防ぐための要件です。

被合併事業と合併事業の双方について、最後に支配関係があることとなった時から適格合併の直前まで継続して営まれており、かつ、その期間中の規模の割合がおおむね2倍を超えないことが求められます。

対象	確認事項	基準
被合併事業	支配関係発生時から合併直前まで継続して営まれているか、規模が急変していないか	おおむね2倍以内
合併事業	支配関係発生時から合併直前まで継続して営まれているか、規模が急変していないか	おおむね2倍以内

なお、事業規模継続要件で見る指標は、事業規模要件の判定で用いた指標に限られます。資本金で事業規模要件を満たしたなら、継続要件も資本金で判定することになります。

特定役員引継要件

事業関連性要件を満たしているものの、事業規模要件と事業規模継続要件を満たす指標がない場合には、特定役員引継要件が問題になります。

吸収合併においては、合併前の被合併法人の特定役員のいずれかと、合併法人の特定役員のいずれかが、合併後に合併法人の特定役員となることが見込まれている必要があります。

項目	内容
特定役員	社長、副社長、代表取締役、代表執行役、専務取締役、常務取締役またはこれらに準ずる者
人数	双方から各1名以上が引き継がれれば足り、全員の残留までは不要
継続期間	自然な退職である限り、通常の任期を全うすれば問題ないと考えられる
注意点	支配関係発生日以前から役員であった者に限られる

時価純資産超過額または簿価純資産超過額がある場合の特例

みなし共同事業要件を満たさない場合でも、時価純資産超過額または簿価純資産超過額がある場合の特例により、繰越欠損金制限や特定資産譲渡等損失額の損金不算入が緩和されることがあります。

この特例は、被合併法人に十分な純資産超過があるなら、その法人は合併しなくても自力で欠損金を活用できる余地があるため、一律に厳しい制限を課す必要はないという考え方に基づくものです。

時価純資産超過額とは

時価純資産超過額とは、一般に時価純資産価額が簿価純資産価額を超える部分の金額をいいます。

被合併法人の繰越欠損金が300百万円で、時価純資産超過額が1,000百万円である場合には、仮に適格合併を行わなくても被合併法人において自力で欠損金を利用し得ることから、繰越欠損金の引継制限を課す必要性は低いという考え方になります。

また、時価純資産価額の算定において、のれんを含めることができるかは過去に議論がありましたが、ご提示内容では、少なくとも実務上はのれんを含める解釈が通説とされています。そのため、買収価額を基礎に被買収会社の時価純資産価額を算定することで、時価純資産超過額が大きくなる場合があります。

時価純資産超過額の特例と繰越欠損金制限

場面	取扱い
時価純資産超過額が繰越欠損金以上	引継制限・使用制限は課されない
時価純資産超過額が繰越欠損金未満	時価純資産超過額を超える部分についてのみ制限が課される
時価純資産超過額がない	原則どおり制限が課される

簿価純資産超過額とは

簿価純資産超過額は、簿価ベースでみた純資産超過を前提とする考え方であり、特定資産譲渡等損失額の損金不算入との関係で重要になります。

簿価純資産超過額の特例と特定資産譲渡等損失額

場面	取扱い
簿価純資産超過額がある場合	その範囲では損金不算入が課されない、または範囲が縮小する
簿価純資産超過額がない場合	原則どおり損金不算入が課される

特例の整理を表でみる

論点	みなし共同事業要件を満たす場合	時価純資産超過額または簿価純資産超過額がある場合	どちらも満たさない場合
支配関係事業年度前の繰越欠損金	制限なし	全部または一部について制限緩和	制限あり
支配関係事業年度以後の繰越欠損金	制限なし	特定資産譲渡等損失相当額との関係で一部緩和あり	制限あり
特定資産譲渡等損失額	損金不算入なし	全部または一部緩和	損金不算入あり

特定資産譲渡等損失相当額とは何か

繰越欠損金の引継制限・使用制限の対象になるのは、すべての欠損金ではありません。対象になるのは、主として次の金額です。

区分	対象
一	支配関係事業年度前の繰越欠損金のすべて
二	支配関係事業年度以後の繰越欠損金のうち特定資産譲渡等損失相当額

ここでいう「支配関係事業年度」とは、被合併法人と合併法人との間に最後に支配関係があることとなった日の属する事業年度をいいます。

つまり、M&A実務では、買収前に生じた欠損金と、買収後に生じた欠損金のうち、特定資産譲渡等損失相当額に当たる部分が主な制限対象になります。

買収後に生じた欠損金でも除外できる例

買収後に生じた欠損金のうちでも、特定資産譲渡等損失相当額に当たらないものは、制限対象から外れることがあります。

例	考え方
役員退職慰労金	資産の譲渡等による損失ではないため、特定資産譲渡等損失相当額から除外し得る
買収後の営業損失	特定資産から生じたものと認められなければ除外し得る
損害賠償金、保証債務の履行等	負債サイドの損失であり、特定資産由来ではないため対象外となり得る

実務コメント
実務では、買収後に出る損失の中身を丁寧に分解することが大切です。「損失が出た＝全部ダメ」ではなく、特定資産由来かどうかで結論が変わります。

特定資産とは何か

特定資産譲渡等損失額の損金不算入は、「特定資産」の「譲渡等」により生じた損失に対して適用されます。したがって、そもそも特定資産から除外できるなら、この規定の適用対象から外れることになります。

特定資産とは、支配関係発生日の属する事業年度開始の日前から有する資産をいいますが、例外として除外される資産があります。

特定資産から除外される主な資産

除外対象	内容
棚卸資産	土地・土地の上に存する権利を除く棚卸資産
短期売買商品等・売買目的有価証券	短期売買を前提とした資産
10百万円未満の資産	適格合併の日等における帳簿価額または取得価額が10百万円未満の資産
含み益資産	支配関係発生日の属する事業年度開始日における時価が税務上の帳簿価額以上である資産

このうち、実務で特に重要なのは、10百万円未満の資産です。評価単位が細かく区分されるため、全体でみると多額であっても、個々の評価単位では10百万円未満となり、特定資産から外れることが少なくありません。

10百万円未満判定の評価単位

帳簿価額または取得価額が10百万円未満かどうかは、資産全体で一括して判定するのではなく、資産ごとに定められた評価単位ごとに判定します。

区分	評価単位
金銭債権	債務者ごと
減価償却資産（建物）	一棟ごと。区分所有建物は建物の部分ごと
減価償却資産（機械及び装置）	一の生産設備、一台または一基ごと
減価償却資産（その他）	上記に準じて区分
土地等	一筆ごと。一体として事業の用に供される一団の土地等は一団ごと
有価証券	銘柄の異なるごと
暗号資産	種類の異なるごと
その他の資産	通常の取引の単位を基準として区分

実務で迷いやすい論点1：マンションの評価

同一建物の中に複数の部屋を保有しているマンションでは、土地部分と建物部分を分けて考える必要があります。

• 土地部分は、一筆または一団ごとに判定するため、同一建物の敷地部分であれば一体としてみる
• 建物部分は、区分所有建物であれば、301号室、302号室など建物の部分ごとに判定する

そのため、マンションが対象になる場合は、土地と建物を分けたうえで、さらに建物を部屋ごとに区分して、10百万円未満かどうかを判定する必要があります。

実務で迷いやすい論点2：建物附属設備の評価

不動産評価では建物と一体で考えられることが多い建物附属設備ですが、税務上の評価単位としては、建物とは別に「その他の減価償却資産」としてみるべき場面があります。

したがって、建物本体と建物附属設備を一体として10百万円未満判定するのではなく、それぞれ別個に判定するのが実務上の基本です。

実務で迷いやすい論点3：資本的支出がある資産

新たな資産の取得とされる資本的支出があった資産については、元の資産と追加償却資産とを分けて考えるのではなく、旧資産の取得価額と追加償却資産の取得価額の合計額により10百万円未満かどうかを判定します。

時価純資産超過額の特例と特定資産からの除外、どちらが重要か

実務上、網羅的に論点を挙げると、時価純資産超過額の特例や、特定資産譲渡等損失額からの除外まで幅広く検討することになります。ただし、優先順位として最も重要なのは、やはりみなし共同事業要件を満たすかどうかです。

みなし共同事業要件を満たしていれば、時価純資産超過額の特例や、特定資産からの除外を細かく検討するまでもなく、繰越欠損金の引継制限・使用制限および特定資産譲渡等損失額の損金不算入は課されません。

そのため、実務上、時価純資産超過額の特例を本格的に使う案件は、みなし共同事業要件を満たせない案件、特に合併法人がSPCで事業関連性要件を満たしにくい案件であることが多いといえます。

会計士コメント
論点を全部並べると複雑に見えますが、実務では「まず共同事業要件」「次に純資産超過額特例」「最後に特定資産の除外」と順に見ると整理しやすいです。

初心者向けに簡単にまとめると

• M&A後5年以内の合併では、欠損金や含み損の利用に税務制限がかかることがある
• ただし、みなし共同事業要件を満たせば、制限を回避できる可能性が高い
• 共同事業要件を満たせない場合でも、時価純資産超過額・簿価純資産超過額の特例が使えることがある
• さらに、特定資産から除外できる資産や損失を丁寧にみることで、影響を減らせる場合がある
• 被買収会社だけでなく、買収会社側の欠損金・特定資産も確認が必要である

根拠法令

本稿に関連する主な法令は次のとおりです。

• 法人税法第57条第3項・第4項
• 法人税法第62条の7
• 法人税法施行令第112条第3項第10号等
• 法人税法施行令第113条
• 法人税法施行令第123条の8
• 法人税法施行令第123条の9
• 法人税法施行規則第27条の15第1項
• 法人税基本通達1-4-4、1-4-6、12の2-2-6、7-8-4 など

なお、個別案件では、条文だけでなく、通達、裁決・照会事例、実務解説もあわせて確認することが重要です。

まとめ

M&A後の事業統合では、被買収会社の繰越欠損金を引き継げるかという点から検討が始まりやすいものの、実際には、被買収会社から引き継ぐ特定資産や、買収会社が買収前に有する繰越欠損金・特定資産についても、制限の有無を確認する必要があります。

本稿では、網羅性の観点から、みなし共同事業要件、時価純資産超過額・簿価純資産超過額の特例、特定資産からの除外、10百万円未満判定の評価単位まで整理しました。しかし、実務上の重要度という意味では、まずはみなし共同事業要件を満たすかどうかが最も大切です。

そのうえで、共同事業要件を満たせない場合に、純資産超過額の特例や特定資産からの除外を組み合わせて、どこまで影響を抑えられるかを検討することになります。案件ごとに事実関係によって結論が大きく変わるため、具体的な対応にあたっては、税理士・公認会計士等の専門家と連携しながら慎重に進めることが望ましいでしょう。

※本稿は一般的な制度整理を目的としたものであり、個別案件に対する税務判断を行うものではありません。実際の適用可否については、最新の法令・通達・実務資料を確認のうえ、個別事情に応じてご判断ください。