不動産M&Aとは何か

不動産M&Aとは、単に土地や建物を売買するだけでなく、不動産を保有する会社の株式を譲渡したり、事前に会社分割や事業譲渡で物件を切り分けたりしながら、不動産の移転または支配権の移転を実現する手法の総称です。

実務上は、次のような選択肢が問題になります。

手法	概要	主な税務論点
不動産そのものを譲渡する	土地・建物を直接売る	譲渡益課税、不動産取得税、登録免許税
不動産会社の株式を譲渡する	不動産を持つ会社ごと売る	株式譲渡益課税、簿価引継ぎ、将来売却時の課税増
対象外不動産を先に切り離す	M&A対象外の物件だけ外に出してから株式譲渡	切り離し時の譲渡損益、不動産取得税、登録免許税
分割型分割を事前に行う	将来の売却に備えて物件ごとに会社を分ける	適格要件、支配関係継続要件、否認リスク

実務コメント
不動産M&Aは「不動産売買」の話に見えますが、実際には法人税・地方税・登記・組織再編・M&A契約実務が一体で動きます。税金だけで手法を決めないことが重要です。

最初に押さえたい結論

不動産M&Aの実務では、どの手法が常に有利というわけではありません。一般論としては、次のような整理がしやすいでしょう。

比較項目	不動産譲渡	不動産会社株式の譲渡	実務上の見方
不動産取得税	通常はかかる	原則かからない	株式譲渡が有利に見えやすい
登録免許税	通常はかかる	原則、不動産の名義変更がないため重くなりにくい	株式譲渡が有利に見えやすい
売り手側の含み益実現	実現しやすい	通常は不動産会社内部では実現しない	売り手は株式譲渡を好みやすい
買い手側の取得価額引上げ	しやすい	しにくい	買い手は不動産譲渡を好みやすい
将来の転売時課税	圧縮しやすい	増えやすい	株式譲渡は買い手に不利になりやすい
スキームの柔軟性	対象資産を選びやすい	会社ごと引き継ぐ	対象外物件がある場合は再編を使うことが多い

つまり、売り手は株式譲渡を好み、買い手は直接譲渡や再編による切り分けを好むという対立が起こりやすいのが、不動産M&Aの典型的な構図です。

不動産をそのまま譲渡する手法

最もシンプルだが、税負担は見えやすい

もっとも分かりやすい方法は、対象となる土地や建物をそのまま売却する方法です。この場合、売り手法人には不動産の譲渡損益が発生し、買い手側には不動産取得税や登録免許税が発生します。

項目	不動産をそのまま譲渡する場合
売り手の税務	譲渡益が出れば法人税等が生じる
買い手の税務	不動産取得税、登録免許税が問題になる
取得価額	時価ベースで取得しやすい
将来売却時	買い手の取得価額が高くなり、譲渡益圧縮が期待できる

不動産移転を会社分割で行うこともある

一見すると、不動産を売るだけなら会社分割は関係ないように思えます。しかし、実務では、個別の資産や負債、契約関係を包括的に移転しやすいという理由から、会社分割方式を用いることがあります。特に、物件に関連する契約、借入、管理関係などをまとめて移したい場合には、単純売買よりも会社分割のほうが整理しやすいことがあります。

株式交付型の会社分割は、不動産取得税の非課税余地がある

会社分割による不動産移転については、地方税法73条の7第2号および地方税法施行令37条の14が、不動産取得税の非課税要件を定めています。実務上は、分割対価の内容、主要資産・負債の移転、事業継続性、従業者の承継などが重要になります。

この点、株式交付型の会社分割は、金銭等不交付要件との関係で、不動産取得税の非課税要件を満たし得る余地があります。他方で、法人税法上の適格判定とは必ずしも一致しません。すなわち、法人税法上は非適格分社型分割になる一方で、地方税上は不動産取得税が非課税となる可能性がある、というズレが起こり得ます。

論点	会社分割（株式交付型）
法人税法上の扱い	非適格分社型分割となることがある
不動産取得税	地方税法上の非課税要件を満たす余地がある
登録免許税	原則として課される

ポイント
法人税で非適格だからといって、地方税でも必ず不利とは限りません。法人税と不動産取得税は、条文の要件が別々に設計されています。

登録免許税は基本的に別問題

会社分割で不動産を移転した場合でも、不動産の名義変更登記が必要になるため、登録免許税は原則として発生します。国税庁のタックスアンサー No.7191でも、不動産の所有権移転登記等に係る登録免許税の基本的な考え方が示されています。

したがって、不動産取得税を抑えられる可能性があっても、登録免許税までゼロになるとは限らない点に注意が必要です。

不動産会社の株式を譲渡する手法

不動産の名義を動かさないため、取得税・登録免許税がかかりにくい

不動産M&Aでよく使われる方法が、不動産を保有する会社そのものの株式を譲渡する手法です。この場合、不動産の法的所有者は引き続きその会社であり続けるため、不動産そのものの移転は生じません。その結果、通常、不動産取得税や不動産の所有権移転に係る登録免許税の負担は生じません。

項目	不動産会社株式の譲渡
不動産の名義	変わらない
不動産取得税	通常は生じない
不動産の登録免許税	通常は重くならない
売り手の課税	株主に株式譲渡損益が生じる

売り手には有利でも、買い手には不利になりやすい

不動産会社の株式を譲渡する場合、売り手側から見ると、その会社が保有する不動産の含み益は直ちに実現しません。したがって、売り手法人側の内部で不動産譲渡益課税が起こらないという意味では、有利に見えることがあります。

しかし、買い手側から見ると事情は逆です。なぜなら、不動産会社内部の帳簿価額はそのまま残るため、取得後に不動産を転売した場合、過去からの含み益も含めて大きな課税所得が生じやすいからです。つまり、株式譲渡は不動産の取得価額を時価に引き上げられないというデメリットを抱えています。

視点	売り手	買い手
不動産の含み益	直ちに実現しないメリット	将来の課税を抱え込むデメリット
取得税・登録免許税	生じにくい	初期コストが軽い
将来売却時の課税	影響なし	課税所得が増えやすい

買い手の実務感覚
不動産会社の株式を買うと、見えない過去の含み益まで一緒に引き継ぐことになります。そのため、最近の実務では、この不利益を価格に織り込んで買いたたく交渉が増えています。

事業M&Aにおける資産調整勘定の問題と似た構造

この論点は、事業M&Aで、株式譲渡だと買い手が資産調整勘定や時価取得メリットを得にくい、という問題とよく似ています。不動産M&Aでも、売り手は「不動産を直接売らないから税金が出ない」と考えがちですが、買い手は「その分だけ将来税負担が増える」と考えます。結果として、その将来税負担相当額が譲渡価額の値下げ要因になります。

被買収会社が保有する不動産の一部だけを譲渡したい場合

対象外不動産を切り離してから株式譲渡する方法がある

実務では、会社が複数の不動産を持っていて、そのうち一部だけをM&A対象にしたいことがあります。その場合、M&A対象外の不動産を先に事業譲渡や会社分割で切り離したうえで、対象物件だけが残った会社の株式を譲渡する、という方法が使われます。

この方法の特徴は、M&A対象の不動産そのものに不動産取得税や登録免許税をかけるのではなく、切り離す側の不動産にそれらの税負担が発生するという点です。したがって、どちらの物件を動かすのかによって、税負担の総額が変わります。

方法	動かすもの	取得税・登録免許税の対象
M&A対象の不動産を直接譲渡する	対象物件	対象物件に課税
対象外不動産を先に切り離して株式譲渡する	対象外物件	対象外物件に課税

現金交付型で切り離すと、不動産取得税の非課税は使いにくい

対象外不動産を受皿会社へ移す方法として、事業譲渡や分社型分割（現金交付型）は理解しやすい手法です。ただし、この場合、金銭等不交付要件との関係で、不動産取得税の非課税要件を満たしにくくなります。地方税法73条の7第2号および地方税法施行令37条の14の適用を受けるためには、対価のあり方が重要だからです。

また、グループ内で行う段階では、法人税法61条の11によって譲渡損益が繰り延べられることがありますが、その後に株式譲渡で完全支配関係が外れると、繰り延べられていた損益が顕在化することがあります。

株式交付型の分社型分割を使う方法もある

これに対し、分社型分割（株式交付型）を行い、その後に分割承継法人株式と分割法人株式をそれぞれ適切に譲渡するスキームでは、金銭等不交付要件との抵触を避けつつ、不動産取得税の非課税要件を狙える余地があります。

もっとも、この場合でも、法人税法上の適格要件を満たせるとは限りません。分割法人株式の譲渡や分割承継法人株式の譲渡が見込まれている場合、支配関係継続要件や株式継続保有要件に抵触しやすく、適格分社型分割から外れて非適格になる可能性があります。

スキーム	不動産取得税	法人税法上の扱い
事業譲渡・現金交付型分割	非課税要件を満たしにくい	譲渡損益が問題になる
株式交付型分社型分割	非課税要件を満たす余地あり	非適格分割として損益実現になることがある

実務コメント
不動産取得税を抑えたいのか、法人税上の含み益を実現したいのかで、選ぶスキームが変わります。両方を同時に最適化できるとは限りません。

対象外不動産を簿価で切り離す方法もある

対象外不動産にも含み益がある場合には、その不動産についてまで時価課税を受けたくないというニーズがあります。この場合、適格分割型分割によってグループ会社へ簿価で移転させ、その後に対象不動産だけが残った会社の株式を譲渡する手法が検討されます。

平成29年度税制改正以後は、完全支配関係内の分割型分割において、支配株主が分割承継法人の株式を継続保有する見込みがあれば足りるという方向に整理され、以前より使いやすくなった面があります。ただし、適格要件を形式的に満たしていても、実質的に事業単位の移転といえない場合には、後述する否認リスクを意識すべきです。

本業を切り離してから不動産M&Aを行う方法

事業会社から不動産部分だけを残す場面で使われる

たとえば、飲食業や製造業などの本業を営んでいる会社が、不動産賃貸業や遊休不動産の保有も行っている場合、本業を別会社へ切り離し、不動産だけが残った会社を不動産M&Aの対象にする方法があります。

この方法は、買い手にとっても分かりやすく、売りたい対象を明確化しやすいというメリットがあります。しかし、切り離した後の会社に「事業実体」があるかどうかが重要になります。

単なる不動産保有会社になると、欠損等法人の問題が出やすい

本業をすべて切り離した後、残った会社が単に土地や建物を保有しているだけで、賃貸収入等もほとんどなく、実質的に事業をしていない状態になることがあります。このような場合、M&Aの対象が「事業のない法人」になりやすく、欠損等法人の問題が顕在化しやすくなります。

法人税法57条の2は、欠損金や含み損を有する法人が買収され、それを利用して租税回避が行われることを防ぐため、一定の場合に欠損金の利用を制限しています。そのため、せっかく被買収会社に繰越欠損金があっても、M&A後に使えなくなる可能性があります。

状態	主なリスク
本業を切り離した後も賃貸事業等が残る	比較的説明しやすい
単なる土地保有会社になる	事業実体が弱く、欠損等法人の問題が出やすい
繰越欠損金がある	M&A後の利用制限に注意

注意点
「不動産だけ残せば売りやすい」と考えがちですが、残った会社が“空っぽの箱”に近い状態になると、税務上はむしろ扱いにくくなることがあります。

本社土地の売却・更地化スキームでも同様の問題がある

たとえば、本社ビルのあった土地の時価が高騰し、本社を移転して旧本社土地を売却したいという場面があります。この場合、建物を除却し、更地だけを保有する法人を不動産M&Aの対象とすることもあります。

しかし、更地保有だけでは事業性の説明が弱くなりやすく、やはり欠損等法人や否認リスクとの関係で慎重な検討が必要になります。

不動産M&Aに備えて事前に分割型分割を行う方法

将来の売却に備えて、物件ごとに会社を分けておく

将来、不動産ごとに別々の買い手へ売却する可能性がある場合には、あらかじめ分割型分割により、各不動産を別会社で保有させておくという発想があります。こうしておけば、将来買い手が見つかったときに、その会社の株式を譲渡するだけで売却しやすくなります。

また、各会社に対象不動産に関連する資産・負債だけを持たせれば、決算書も分かりやすくなり、デューデリジェンスも進めやすくなります。

事前整理のメリット	内容
売却しやすい	物件ごとに株式譲渡できる
財務が明確	対象物件と関係ある資産・負債だけに整理しやすい
買い手に説明しやすい	対象範囲が明確になる

「見込まれている」の判定がポイントになる

もっとも、分割の時点で、将来外部に株式譲渡することが具体的に予定されていると、支配関係継続要件や株式継続保有要件を満たせず、非適格分割となる可能性があります。ここで問題になるのが、「外部譲渡が見込まれている」とは、どの程度具体的な状態を指すのかという点です。

実務上は、買い手候補も未定で、譲渡時期も未定であり、単に将来そうしたいという希望にとどまる段階であれば、直ちに適格要件違反になるとは限らないと考えられています。これに対し、売却計画が事前に具体的に決まっているような場合には、適格要件抵触のリスクが高まります。

ただし、形式だけ整えても否認リスクは残る

ここで見落としやすいのが、法人税法132条の2による組織再編成に係る行為又は計算の否認リスクです。形式的に適格要件を満たしていても、実質的に見て事業単位の移転や事業継続を伴わない単なる税負担の軽減策と評価されると、課税庁から否認を受ける可能性があります。

特に、TPR事件の裁判例以降、完全支配関係内の再編であっても、実質を伴わない再編には慎重な見方が広がっています。したがって、「条文要件だけ満たせばよい」という発想は危険です。

検討項目	確認ポイント
支配関係継続要件	外部譲渡が具体的に予定されていないか
株式継続保有要件	承継会社株式を継続保有する見込みがあるか
事業単位性	単なる資産移動ではなく事業移転といえるか
否認リスク	税負担軽減のみを目的とする構造になっていないか

実務コメント
「今は買い手がいないから大丈夫」と機械的に考えるのは危険です。実際には、社内資料、稟議、仲介会社とのやり取り、事業計画などから、売却計画の具体性が見られることがあります。

実務で使い分けるための整理

どの手法が向いているか

ケース	向きやすい手法	主な理由
単独物件をそのまま売りたい	不動産譲渡	シンプルで分かりやすい
取得税・登録免許税を抑えたい	不動産会社株式の譲渡	名義を動かさないため
対象外不動産が混在している	対象外不動産の切り離し＋株式譲渡	売る範囲を絞れる
将来複数物件を個別売却したい	事前の分割型分割	物件ごとの会社化が可能
本業と不動産が同居している	本業切り離し後の不動産M&A	対象の明確化ができる

税金だけで決めてはいけない理由

不動産M&Aでは、税金は重要ですが、それだけでは結論は出ません。実務では、次のような点も同じくらい重要です。

• 借入金や担保の付替えができるか
• テナント契約や管理契約をそのまま維持できるか
• 買い手が将来どのタイミングで転売を想定しているか
• 対象外不動産を切り離した後の会社に事業実体が残るか
• 繰越欠損金や含み損の利用が制限されないか
• スキームが租税回避と見られないか

まとめ

不動産M&Aでは、不動産を直接売る方法と、不動産会社の株式を売る方法とで、税務の結論が大きく変わります。売り手側から見れば、株式譲渡は不動産の含み益を直ちに実現させず、不動産取得税や登録免許税も生じにくいため、有利に見えやすい手法です。

一方で、買い手側から見れば、株式譲渡は不動産の取得価額を時価に引き上げられないため、将来の転売時に大きな課税所得を抱えることになります。このデメリットは、実務では価格交渉に反映されやすくなっています。

また、対象外不動産を切り離してから株式譲渡する方法や、将来の売却に備えて事前に分割型分割を行う方法など、組織再編を活用した応用的なスキームも存在します。ただし、その場合には、不動産取得税の非課税要件、適格・非適格判定、支配関係継続要件、欠損等法人、否認リスクといった論点が一気に増えるため、慎重な設計が必要です。

したがって、不動産M&Aは、単なる「売却方法の選択」ではなく、法人税・地方税・登記・契約・資金調達・将来出口戦略まで含めた総合設計として考える必要があります。実務では、税金を最小化することだけでなく、売りたいものを明確にし、買い手が安心して取得できる形に整えることが、成功のポイントになります。

根拠法令・公表資料

• 法人税法施行令4条の3（適格組織再編成における株式の保有関係等）
• 地方税法73条の7第2号（会社分割に係る不動産取得税の非課税）
• 地方税法施行令37条の14（会社分割に係る不動産取得税の非課税要件）
• 法人税法61条の11（グループ内譲渡損益の繰延べ）
• 法人税法57条の2（欠損等法人の欠損金利用制限）
• 法人税法132条の2（組織再編成に係る行為又は計算の否認）
• 国税庁 タックスアンサー No.7191「登録免許税の税額表」
• 東京都主税局ほか「会社分割に係る不動産取得税の非課税措置について」
• 国税庁「企業グループ内の分割型分割における株式の保有関係について」
• 国税庁「組織再編成に係る行為計算否認規定の解釈・適用を巡る諸問題」