経過措置医療法人の持分評価とは？評価方法・規模区分・相続時の留意点をわかりやすく解説

持分あり社団医療法人、いわゆる経過措置医療法人では、相続や事業承継の場面で「持分をいくらで評価するのか」が大きな論点になります。特に病院や介護施設を運営する医療法人では、土地建物や事業用資産の規模が大きいため、持分評価額が非常に高額になることもあります。

もっとも、医療法人の持分評価は、一般の会社の株式評価と似ているようでいて、実は異なる点も少なくありません。配当還元方式が使えないこと、議決権割合を見ないこと、比準要素が限定されていることなど、医療法人特有のルールがあります。

本稿では、経過措置医療法人の持分評価について、評価の基本構造、規模区分、具体的な評価方法、相続時の留意点を順に整理します。

1．経過措置医療法人の持分評価の基本

（1）評価の根拠は財産評価基本通達194-2

経過措置医療法人の持分評価は、財産評価基本通達194-2「医療法人の出資の評価」に基づいて行います。考え方としては、取引相場のない株式の原則的評価方法に準じる形です。

ただし、医療法人は株式会社とは制度設計が異なるため、完全に同じ評価方法ではありません。まずは、対象法人を大会社・中会社・小会社のいずれに区分するかを判定し、その規模に応じて評価方式を選びます。

（2）まず規模区分を決める

持分評価の出発点は、医療法人の規模判定です。規模区分の判定には、主に次の3つの要素を使います。

• 従業員数
• 総資産価額
• 年間の取引金額

この3要素に基づき、医療法人を大会社・中会社・小会社に区分し、その区分に応じて、類似業種比準価額方式、純資産価額方式、またはその併用方式を使って評価します。

2．規模区分の考え方

（1）まず従業員数70人以上なら大会社

医療法人の規模区分では、まず課税時期の直前期末以前1年間の従業員数が70人以上であれば、大会社に区分されます。

70人未満の場合には、さらに総資産価額と年間取引金額を用いて判定します。

（2）中会社・小会社の判定

中会社・小会社の区分では、直前期末の総資産価額（帳簿価額）および従業員数、または直前期末以前1年間の取引金額に応じて、Lの割合を判定します。

区分	主な基準	Lの割合
中会社「大」	総資産5億円以上かつ従業員35人超、または取引金額5億円以上20億円未満	0.90
中会社「中」	総資産2億5,000万円以上かつ従業員20人超、または取引金額2億5,000万円以上5億円未満	0.75
中会社「小」	総資産4,000万円以上かつ従業員5人超、または取引金額6,000万円以上2億5,000万円未満	0.60
小会社	上記に該当しない場合	―

なお、中会社のL割合は、「総資産価額・従業員数による割合」と「取引金額による割合」のいずれか大きい方を採用します。

コメント
規模区分を誤ると、その後の評価方式全体がずれてしまいます。特に医療法人では、病院・老健・介護医療院を含む場合に取引金額や従業員数が大きくなりやすく、会社規模の判定を丁寧に行う必要があります。

3．医療法人の持分評価が会社の株式評価と違う点

医療法人の持分評価は、取引相場のない株式の評価に準じるものの、制度上の違いから次のような特徴があります。

項目	医療法人の取扱い
配当還元方式	適用しない
議決権割合の判定	不要
比準要素	利益金額と純資産価額の2要素のみ
業種判定	「その他の産業」を適用
純資産価額方式の20％評価減	適用なし

これは、医療法人には上場がなく、剰余金配当も認められておらず、社員の議決権も原則1人1個で平等とされているためです。

4．規模区分ごとの評価方法

（1）大会社の評価

大会社では、次のいずれか低い金額で評価します。

• 類似業種比準価額
• 純資産価額

（2）中会社の評価

中会社では、次のいずれか低い金額で評価します。

• 類似業種比準価額×L ＋ 純資産価額×（1-L）
• 純資産価額

Lの割合は、会社規模に応じて0.90、0.75、0.60を使います。

（3）小会社の評価

小会社では、次のいずれか低い金額で評価します。

• 類似業種比準価額×0.50 ＋ 純資産価額×0.50
• 純資産価額

規模区分	評価方法
大会社	類似業種比準価額 または 純資産価額のいずれか低い額
中会社	類似業種比準価額×L＋純資産価額×（1-L） または 純資産価額のいずれか低い額
小会社	類似業種比準価額×0.50＋純資産価額×0.50 または 純資産価額のいずれか低い額

5．類似業種比準価額方式のポイント

医療法人の類似業種比準価額方式では、一般会社と異なり、比準要素は利益金額と純資産価額の2つです。業種は「その他の産業」を用います。

また、斟酌率は次のとおりです。

• 大会社：0.7
• 中会社：0.6
• 小会社：0.5

出資口数は、1口当たり50円換算で求める点も実務上のポイントです。

初心者向け補足
類似業種比準価額方式は、「似た規模・業種の会社の株価水準」を参考に評価する考え方です。ただし、医療法人では配当要素を使わないため、一般会社の株価評価よりも構造がやや簡略化されています。

6．純資産価額方式のポイント

純資産価額方式では、相続税評価額ベースで算定した総資産価額から負債額を控除し、必要な調整を行って1口当たりの価額を求めます。

ここで実務上注意したいのは、一般会社の評価で見られる20％評価減が適用されない点です。そのため、不動産や事業用資産を多く保有する医療法人では、純資産価額がかなり高額になりやすい傾向があります。

7．特定の評価会社に該当する場合の取扱い

経過措置医療法人であっても、すべてが通常の大会社・中会社・小会社の評価ルールにそのまま乗るわけではありません。たとえば、次のような特定の評価会社に該当する場合には、別の評価方法が問題になります。

• 比準要素数1の会社
• 株式保有特定会社に準ずる会社
• 土地保有特定会社に準ずる会社
• 開業後3年未満の会社等
• 休業中・開業前の会社
• 清算中の会社

このような場合には、原則的評価方法とは異なる計算となることがあるため、形式的に規模区分だけで判断せず、特定会社該当性の確認が必要です。

8．相続時に「出資」と「払戻請求権」のどちらになるか

（1）相続人が社員として地位を承継する場合

経過措置医療法人の社員が死亡した場合でも、相続人が持分を承継し、社員としての地位を有する場合には、相続財産は医療法人の出資となります。この場合、問題になるのは本稿で解説した持分そのものの評価です。

（2）払戻請求を行う場合

これに対し、死亡により退社した社員の相続人が、医療法人に対して持分払戻し請求を行う場合には、相続財産は払戻請求権となります。

つまり、同じ「持分あり医療法人」であっても、相続の結果として取得する財産が、

• 出資そのものなのか
• 払戻請求権なのか

で、法的整理や実務対応の方向性が変わる点に注意が必要です。

コメント
相続発生後に「後継者として持分を持ち続けるのか」「法人に払戻しを求めるのか」で、評価だけでなく法人経営への影響も大きく変わります。税務と承継方針はセットで検討すべきです。

9．持分評価で特に留意したい実務ポイント

留意点	実務上の意味
規模区分の判定	従業員数・総資産価額・取引金額の確認を誤らないこと
特定会社該当性	比準要素数1、土地保有特定会社等に該当しないか確認すること
純資産価額の高騰	不動産や医療設備を多く持つ法人では評価額が高くなりやすい
相続財産の種類	出資か払戻請求権かで整理が変わる
承継対策との連動	評価結果を持分なし移行、納税資金対策、払戻リスク対策につなげる必要がある

10．まとめ｜持分評価は「税額計算」のためだけでなく「承継判断」のために行う

経過措置医療法人の持分評価は、財産評価基本通達194-2に基づき、取引相場のない株式の原則的評価方法に準じて行われます。もっとも、医療法人には、配当還元方式がない、議決権割合を見ない、比準要素が2つだけといった特有のルールがあります。

実務では、まず規模区分を正しく判定し、そのうえで類似業種比準価額方式、純資産価額方式、または併用方式を使って評価します。また、特定会社該当性の確認も欠かせません。

さらに重要なのは、持分評価が単なる相続税計算のための作業ではないという点です。評価額を把握することで、

• 相続税負担に耐えられるか
• 払戻請求が起きた場合に法人が耐えられるか
• 持分なし移行を検討すべきか

といった、事業承継上の重要な経営判断が可能になります。

そのため、経過措置医療法人では、相続が起きてから初めて評価するのではなく、平時から持分評価を定期的に行い、承継対策と一体で検討することが重要です。

11．根拠・参照ポイント

• 財産評価基本通達194-2（医療法人の出資の評価）
• 財産評価基本通達189、189-2、189-3、189-4、189-5、189-6
• 医療法人の持分評価に関する規模区分判定ルール
• 医療法人における出資と払戻請求権の相続財産区分