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事業譲渡方式とは？M&Aで選ばれる理由、税務、消費税、のれん、株主への影響まで解説

Byryo.soccer1643@gmail.com

中小企業M&Aでは、買収手法として「株式譲渡方式」が多く使われますが、案件によっては「事業譲渡方式」が選ばれることもあります。

事業譲渡方式は、会社そのものを移すのではなく、必要な事業・資産・契約を切り出して移転できる点が大きな特徴です。その一方で、株式譲渡とは異なり、資産や契約を個別に承継する必要があり、法人税・消費税・登録免許税・不動産取得税など論点が広がりやすい手法でもあります。

この記事では、事業譲渡方式の基本から、譲渡法人・譲受法人・株主それぞれの税務、のれん（営業権）や資産調整勘定、消費税、地方税、実務上の注意点まで、実務目線で整理して解説します。

この記事でわかること

  • 事業譲渡方式の基本的な仕組み
  • 株式譲渡方式との違い
  • 譲渡法人・譲受法人・株主ごとの税務上の取扱い
  • 消費税、登録免許税、不動産取得税の注意点
  • のれん、資産調整勘定、欠損金、留保金課税の実務ポイント

事業譲渡方式とは

事業譲渡方式とは、会社全体の支配権を移すのではなく、会社が営む事業の全部または一部を、契約によって他社へ移転する手法です。

株式譲渡では株主が保有する株式を売買するため、会社に属する資産・負債・契約・許認可は原則としてそのまま会社内に残ります。

これに対し、事業譲渡では、対象となる棚卸資産、固定資産、債権債務、従業員、取引契約などを個別に承継していく必要があります。

項目事業譲渡方式株式譲渡方式
何を移すか事業に属する資産・負債・契約など株主が保有する株式
買収対価の受取人譲渡法人売主株主
簿外債務の引継ぎ対象を選別しやすい原則として会社に残るため間接的に引き継ぐ
契約・資産の移転個別承継が必要原則不要
消費税課税資産の譲渡があるため論点になりやすい株式譲渡自体は非課税
不動産取得税・登録免許税生じうる通常は直接生じにくい

事業譲渡方式が選ばれる理由

事業譲渡方式が選ばれる典型的な理由は、買主が「欲しい事業だけを取得したい」と考えるからです。

  • 不要事業や簿外リスクを切り離しやすい
  • 取得対象資産を選別しやすい
  • 過去の偶発債務を抱え込みにくい
  • 赤字事業や遊休資産を除外しやすい

一方で、契約承継、従業員の再雇用、許認可の再取得、資産ごとの移転手続が必要になり、手続コストは一般に株式譲渡より重くなります。

譲渡法人の税務

1. 譲渡益・譲渡損は法人税の対象

事業譲渡では、譲渡法人が各資産を譲渡したものとして、譲渡対価と税務簿価との差額を益金または損金に計上します。つまり、譲渡法人において法人税課税の対象となるのが基本です。

事業全体を一括で売却していても、税務上は棚卸資産、固定資産、無形資産などの移転を伴うため、実務では資産ごとの配分が重要になります。

実務メモ

契約書上の譲渡価額が一括表示でも、税務・会計では棚卸資産、建物、機械、営業権などへ価額配分を求められることがあります。配分が不自然だと、後日の税務検討で論点化しやすくなります。

2. 消費税が問題になりやすい

事業譲渡は、株式譲渡と違って、消費税の論点が大きくなりやすい手法です。国税庁の質疑応答事例では、営業の譲渡は営業に係る資産、負債の一切を含めて譲渡する契約であっても、資産の譲渡については課税資産と非課税資産を一括して譲渡するものと整理されています。

そのため、事業譲渡対価のうち、建物、機械装置、備品、棚卸資産、営業権などの課税資産に対応する部分には消費税がかかり得る一方、土地や有価証券、金銭債権など非課税または不課税となるものは別途区分して考える必要があります。

主な対象消費税の考え方
棚卸資産原則として課税
建物・機械・器具備品原則として課税
営業権・ソフトウェアなど原則として課税
土地非課税
有価証券非課税
金銭債権通常は非課税・不課税の整理が必要

このため、譲渡契約書では、単に総額だけを定めるのではなく、課税対象・非課税対象の配分をできるだけ明確にしておくことが重要です。

3. 事業譲渡代金が株主に直接入るわけではない

株式譲渡方式では売買代金を受け取るのは株主ですが、事業譲渡方式では対価を受け取るのは会社です。したがって、オーナー株主が資金を手元化するには、その後に配当、役員退職金、清算分配など別の資金移転手段を検討する必要があります。

つまり、オーナーにとっては、

  • 会社段階で法人税
  • その後の配当や清算で株主段階課税

という二段階課税の形になりやすい点が、株式譲渡方式との大きな違いです。

4. 事業譲渡後の留保金課税に注意

譲渡後に多額の現金だけが会社に残ると、同族会社では留保金課税の検討が必要になる場面があります。とくに、事業譲渡によって利益が生じたにもかかわらず、その資金を社内に留保し続ける場合には、特定同族会社の特別税率の論点が出てきます。

もっとも、実際に留保金課税が生じるかは、会社規模、同族関係、留保控除額など個別事情によって異なるため、単純に「事業譲渡をすると必ず課税される」というものではありません。

譲受法人の税務

1. 取得資産は時価ベースで受け入れるのが基本

譲受法人は、取得した棚卸資産、固定資産、無形資産などを、原則として取得価額で計上します。事業譲渡は株式取得ではないため、買収対象会社の過去の簿価をそのまま引き継ぐわけではありません。

この点は買主にとって重要で、含み損資産や不要債務を避けつつ、必要な資産だけを取得しやすい反面、個別資産の取得価額配分を慎重に設計する必要があります。

2. のれん・営業権が生じることがある

取得対価が受け入れた純資産の時価純額を上回る場合には、実務上「のれん」や営業権に相当する金額が生じることがあります。事業の収益力、顧客基盤、ブランド、ノウハウなどに対価を払っているケースです。

税務上の処理は、会計上の処理と完全に同じとは限らないため、契約時点で価額配分と税務処理をセットで検討しておく必要があります。

3. 資産調整勘定・差額負債調整勘定の論点

法人税法62条の8は、一定の事業の譲受け等に伴い、取得対価と時価純資産価額との差額について、資産調整勘定または差額負債調整勘定の計算を求める規定です。国税庁の質疑応答事例でも、事業の譲受けに伴う債務引受けと差額負債調整勘定の考え方が示されています。

実務的には、次のような場面で検討が必要になります。

  • 事業譲渡で包括的に資産・負債を承継する
  • 賞与支払債務など、移転事業に重大な影響を与える債務を引き受ける
  • 純資産価額と支払対価との差額が生じる

この論点は、単なる会計上ののれん説明だけでは足りず、法人税法上の調整勘定の扱いまで確認すべき分野です。案件規模が大きい場合は、契約締結前に必ず税務設計を行うべきです。

実務メモ

「会計上はのれんで処理しているから税務も同じ」とは限りません。資産調整勘定や差額負債調整勘定の該当性は、承継対象、対価算定、債務引受けの内容によって変わります。

4. 繰越欠損金は引き継がれない

事業譲渡は、会社そのものの承継ではありません。そのため、譲渡法人が持っている繰越欠損金は、原則として譲受法人に引き継がれません。

これは組織再編税制における適格合併などとは大きく異なる点です。買主側が「赤字も使える」と誤解していると、スキーム比較を誤る原因になります。

株主への影響

1. 株主は事業譲渡代金を直接受け取らない

事業譲渡方式では、買収対価を受け取るのは会社であり、株主ではありません。したがって、株主に直ちに譲渡所得課税が生じるわけではありません。

ただし、会社がその後に配当を行えば配当課税、解散・清算に進めば清算に伴う課税関係が問題になります。

2. オーナーの出口設計が重要

オーナー経営者が「会社を売って現金化したい」と考えている場合、事業譲渡方式は株式譲渡方式よりも出口が複雑です。会社に残った現金を、

  • 配当で出すのか
  • 役員退職金で出すのか
  • 会社清算で出すのか

によって税負担が大きく変わるため、M&Aスキームは法人段階だけでなく株主段階まで含めて比較すべきです。

不動産取得税・登録免許税などの地方税、周辺税目

事業譲渡で不動産を移転する場合、株式譲渡では通常表に出にくいコストが発生します。

  • 不動産の所有権移転登記に係る登録免許税
  • 不動産取得税
  • 契約内容によっては印紙税

とくに不動産が主要資産である案件では、法人税や消費税だけを見ていると総コストを見誤ります。実務では「税引後手取り」だけでなく、「取得側の総投下コスト」で比較することが大切です。

契約・人・許認可の承継は自動ではない

事業譲渡方式では、契約関係や雇用関係は自動承継ではありません。取引先との契約、賃貸借契約、リース契約、従業員の雇用、許認可などは、個別同意や再取得が必要になることがあります。

税務だけでなく法務・労務の観点からも、次の点は特に確認が必要です。

  • 主要取引先との契約に譲渡制限条項がないか
  • 従業員を再雇用方式にするのか
  • 未払賞与や退職給付関連債務を誰が負担するか
  • 許認可が譲受法人で使えるのか、再取得が必要か

事業譲渡方式が向いているケース

  • 不採算事業を切り離して一部のみ売却したいケース
  • 買主が簿外債務リスクを強く警戒しているケース
  • 対象事業に不要資産や遊休資産が多いケース
  • 事業ごとに買い手を分けたいケース

反対に、許認可、契約、従業員、顧客口座などを一体で承継しないと実務が回らない場合は、株式譲渡や会社分割のほうが適していることもあります。

事業譲渡方式のチェックリスト

事前に確認したいポイント

  • 譲渡対象資産・負債の範囲は明確か
  • 譲渡価額の資産別配分は合理的か
  • 消費税の課税対象・非課税対象を区分しているか
  • 不動産取得税・登録免許税を織り込んでいるか
  • のれん、営業権、資産調整勘定の検討をしたか
  • 譲渡法人の繰越欠損金を買主が誤って見込んでいないか
  • 株主への資金還元方法まで設計しているか
  • 契約承継、雇用承継、許認可再取得の段取りを確認したか

まとめ

事業譲渡方式は、必要な事業だけを切り出して取得できるため、簿外債務や不要資産を避けたい買主にとって有力な手法です。一方で、株式譲渡方式と比べると、消費税、不動産取得税、登録免許税、のれん、資産調整勘定、契約承継、従業員対応など、検討事項は大きく増えます。

また、売主オーナーの立場では、譲渡代金を直接受け取るのではなく、まず会社に資金が入り、その後に配当や清算を通じて手元化する流れになるため、株主段階まで含めた税負担の比較が欠かせません。

したがって、事業譲渡方式を選ぶかどうかは、単に「一部事業を売れるから便利」という観点だけでなく、法人税・消費税・地方税・株主課税・法務労務まで含めた総合判断で決めることが重要です。

参考条文・資料

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